Paese dell'alta valle del Gran San Bernardo, posto a circa 1300 m di altitudine, Saint-Oyen ha un toponimo di derivazione religiosa, tradotto dal latino Eugendus, che nel VI secolo fu l'abate di Condat, in Francia, località ora denominata Saint-Claude-du-Jura.
Non si hanno notizie precise riguardo alla fondazione del paese, nemmeno sotto forma di reperti archeologici: i primi documenti risalgono all'XI secolo, cioè al periodo in cui l'arcidiacono di Aosta Bernardo fondò l'ospizio che ancora oggi porta il suo nome. Nel 1137 il conte di Savoia, che amministrava direttamente tutta la vallata, donò ai Canonici dell'Ospizio di San Bernardo il Château Verdun, una costruzione ora splendidamente restaurata, che i canonici ancora utilizzano come casa di accoglienza. La vita della comunità è stata sempre legata alle vicende del colle che la sovrasta: anche qui come in tutta la "Comba Freida" il passaggio dell'armata di Napoleone ha creato profonda impressione negli abitanti, che hanno creato il modo di esorcizzare il mostro con dei tipici e colorati riti carnascialeschi. L'economia attuale, però, non si fonda solo sul transito veicolare per il traforo del Gran San Bernardo o su quanto rimane dell'agricoltura tradizionale, ma conta anche sul piccolo comprensorio sciistico di Flassin, particolarmente frequentato dagli amanti del fondo e dai principianti della discesa.